Stále častejšie používanie biometrických technológii na identifikáciu osôb otvára otázky ochrany ľudských práv. Od budúceho roka budú dva biometrické údaje obsahovať i slovenské cestovné doklady.
Používanie biometrických technológii na identifikáciu osôb môže byť považované za zásah do práva na ochranu súkromia. Právo na ochranu súkromia je garantované článkom 12 Všeobecnej deklarácie ľudských práv. Širokorozšírené a nerozlišujúce používanie odtlačkov prstov a iných foriem biometrických dát na identifikáciu osôb mnohokrát prekračuje podľa názoru Amnesty International únosnú mieru ak vezmeme do úvahy dostupnosť a možnosti metód nezasahujúcich do súkromia v takejto miere.
Vo svete sú známe prípady keď si jednotlivci znetvorili prsty v snahe znečitateľniť svoje odtlačky.
Amnesty International si myslí, že napriek zákonným ochranným mechanizmom je spracovávanie biometrických údajov v súčasnosti v rôznej miere ohrozené technickým zlyhávaním a s tým spojeným vážnym rizikom neoprávneného a protizákonného použitia. Takéto zneužitie priamo vedie k porušeniu práva na ochranu súkromia.