Amnesty International Slovensko vznikla v roku 1994 ako občianske združenie a riadi sa pravidlami, ktoré sú pre členov hnutia Amnesty International na celom svete spoločné. Tieto princípy sú pretavené do stanov.
Najvyšším orgánom organizácie je Valné zhromaždenie, na ktorom majú zvyčajne 1-krát ročne všetci členovia možnosť rozhodovať o smerovaní hnutia na najbližšie obdobie.
V čase medzi Valnými zhromaždeniami hnutie riadi Správna rada, ktorá je volená Valným zhromaždením na obdobie 2 rokov. Členstvo v Správnej rade je neplatenou pozíciou. Súčasnými členmi a členkami Správnej rady sú:
Martin Posch (Predseda)
Zuzana Szaboóvá (Podpredsedníčka)
Sawkat Ali Choudhury (Pokladník)
Peter Školník (Člen)
Dodržiavanie stanov kontroluje Kontrolný výbor zložený z členov a členiek Amnesty International Slovensko zvolených na Valnom zhromaždení,v súčastnosti Jiří Bejček a Michal Davala.