Amnesty International uznáva, že tzv. terorizmus predstavuje hrozbu pre základné ľudské práva. AI však zároveň upozorňuje, že porušovanie medzinárodného práva oslabuje dôveryhodnosť a efektívnosť boja proti terorizmu. Doteraz tiež neexistuje definícia pojmu „terorizmus“.
Pred piatimi rokmi, 11. januára 2002, USA na svoju vojenskú základňu na kubánskom území v zálive Guantánamo previezli prvých väzňov. Na začiatku ich väznili tajne, čo medzinárodné právo považuje za zločin. Až v máji 2006 USA zverejnili zoznam 759 celkovo zadržiavaných väzňov, pričom nie je zrejmé či ide o úplný zoznam.
V septembri 2006 boli na Guantánamo prevezení ďalší štrnásti väzni, ktorých štyri a pol roka zadržiavali v tajných zariadeniach CIA, bez možnosti komunikácie s okolitým svetom. Doteraz USA z Guantánama prepustili 345 osôb, dodnes je nezákonne zadržiavaných vyše 430 ľudí.
Napriek tomu, že platí prezumpcia neviny, americká administratíva sa o zadržiavaných vyjadruje ako o najhorších vrahoch a teroristoch. Doteraz bolo vznesené obvinenie len proti 10 väzňom, ktorí majú byť súdení Vojenskými komisiami, ktoré podľa medzinárodného práva nezodpovedajú spravodlivým súdom. Amnesty International upozorňuje, že zákonný spôsob uväznenia, vznesenie obvinenia a súdny proces nemožno, pri najvyššej úcte, nahradiť slepou dôverou vo vládu a tajné služby USA, bojujúce proti terorizmu.
Z Guantánama bolo hlásených viac ako 40 pokusov o samovraždu, v júni 2006 zomreli traja muži. Zadržiavaní sú vypočúvaní špeciálnymi metódami, napríklad sexuálnym ponižovaním, dusením vodou, spútavaním a priväzovaním k podlahe v drepe, alebo používaním psov na zastrašovanie.
USA doteraz prepustili z Guantánama 345 osôb, bez obvinenia, vysvetlenia či kompenzácie. Mnohí budú nálepkou „terorista“ – najhorší z najhorších prenasledovaní do konca života. Prepusteným na slobodu alebo do väzení domovských krajín často hrozí ďalšie mučenie. V súčasnosti je na Guantáname väznených vyše 430 ľudí z 35 národností.
Európska únia v júni 2006 prijala Uznesenie Európskeho parlamentu o situácii väzňov na Guantáname a 15. februára 2006 Komisia pre ľudské práva OSN požiadala vládu USA, aby Guantánamo zatvorila.
Amnesty International na Slovensku 5. januára 2007 požiadala ministra zahraničných vecí SR Jána Kubiša o oficiálne stanovisko Slovenskej republiky, nakoľko SR sa k väzeniu v zálive Guantánamo nikdy samostatne nevyjadrila.